Uno de sus mayores logros durante la dirección del desarrollo del sistema operativo para las misiones Apolo fue el sistema de excepciones y carga asincrónica de tareas que jugó un papel crucial momentos antes del alunizaje, ya que cuando los astronautas se estaban preparando para descender la computadora empezó a arrojar los errores 1201 y 1202. Durante unos minutos no sabían si proceder con el alunizaje o no debido al error que mostraba la computadora, pero el equipo de Hamilton rápidamente encontró entre sus notas que ese código significaba que la computadora estaba limpiando la lista de tareas de procesos poco prioritarios para dedicarle todo el procesamiento a las funciones de descenso. Una vez resuelta la incógnita de qué significaba el mensaje de error, se procedió con el descenso en la Luna, el cual fue exitoso.​ Más tarde se descubrió que los mensajes de error no eran por un problema de software, sino que en la lista de procesos que le entregaron a Buzz Aldrin para la preparación de los instrumentos se lo instruyó a que encendiera un radar que no era utilizado durante el descenso, pero que podría ser útil en caso de requerir abortar la misión, este radar empezó a llenar el procesamiento del sistema con tareas de medición debido a todo tipo de lecturas que estaban llegando desde sus sensores,​ gracias a que Hamilton con su equipo tuvieron en cuenta como resolver un problema de este tipo, no terminó en ningún incidente.

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